Fils d'un armateur, Jean-Marie de la Mennais est le frère aîné de Félicité Robert de Lamennais. Pendant la Révolution française, encore jeune, il vient en aide aux prêtres qui refusent de prêter serment à la République. Il est ordonné sous-diacre le 21 décembre 1801, à Rennes. Avec ses amis, les chanoines Etienne-Pierre Engerran et Jean Vielle, il rouvre le Collège de Saint-Malo, qui avait été fermé sous la Révolution et y devient et professeur de philosophie. Ordonné prêtre le 25 février 1804 à Rennes, il est nommé également vicaire à la Cathédrale de Saint-Malo. Il est nommé Chanoine le 15 juillet 1810. Puis, il est nommé Vicaire général de Saint-Brieuc de 1815 à 1820, il participe activement à la vie chrétienne de son diocèse en soutenant les monastères, en réformant les séminaires et en animant des missions populaires. Très vite, il est convaincu que l'éducation a un rôle à jouer dans la lutte contre la délinquance. Il décide de former quelques instituteurs en 1817. Sa rencontre avec l'abbé Gabriel Deshayes à Auray la même année est déterminante. Le 6 juin 1819, ils fondent l'institut des Frères de l’Instruction chrétienne. En novembre 1819, Jean-Marie de la Mennais est nommé vicaire général de la Grande Aumônerie à Paris. En novembre 1824, il s'installe à Ploërmel dans un ancien couvent des Ursulines.